性感染症の陽性反応が出た場合、特定の感染症に応じて感染症専門医（インフェクトログ）または皮膚科医／性感染症専門医を紹介される。国営保険に加入していれば、公的医療制度（HZZO）によって治療費は全額カバーされる。どこに行けばいいか分からない場合、HUHIV（チェックポイント・ザグレブ）がゲイフレンドリーな専門医を紹介してくれるだろう。彼らはまた、秘密厳守でのパートナーへの通知についてもアドバイスを提供してくれる。

診断されたら、医師が必要な抗生物質または抗ウイルス薬の処方箋を発行する。これは地元のどの薬局（リェカルナ）でも受け取れる。旅行者やHZZOの保障がない海外在住者の場合、診察と薬の両方について一般的に自己負担で支払う必要があるだろう。ジェネリック抗生物質自体は安価だが、主な自己負担費用は私費の専門医の診察料なので、診察前にクリニックに料金を尋ねておこう。

最近のセックスパートナーに伝えることで、彼らも検査を受け、自分への再感染を防ぐことができる。クラミジア、淋病、梅毒などの細菌性性感染症の場合、自分とパートナーの両方が全ての治療コースを終え、症状がなくなるまでセックスを控えるべきだ。感染が完全に排除されたことを確認するために、フォローアップ検査（「治癒確認検査」）に戻る必要があるかどうかは、専門医が教えてくれる。クロアチアの医療慣行は欧州（IUSTI）のガイドラインに従っており、非複雑性クラミジアにはルーチンの治癒確認検査は不要だが、淋病、特に喉の感染症には治療後約2週間での実施が推奨され、3ヶ月後の再感染の再検査も推奨されている。